乳幼児の急性下痢の原因で最も多いのは消化管感染（細菌とウイルス）と 消化管外感染に伴う下痢と抗生物質の経口投与に伴う下痢です。

細菌性下痢の多くは発熱、嘔吐、腹痛などの症状を伴うことがあります。

原因菌はカンピロバクター、病原性大腸菌、サルモネラが多いといわれています。

乳幼児のウイルス性下痢症の病因ウイルスとしてロタウイルス、ノロウイルス、 サポウイルス、アデノウイルス、アストロウイルスがあります。

消化管外感染に伴う下痢はかぜや気道炎によって起こる下痢です。

日常診療では細菌性胃腸炎は便培養、ロタウイルスは便迅速検査で診断可能です。

長引く下痢の原因には乳糖不耐症、食物アレルギーなどもあります。